ろ過装置は万能ではなく、排泄物から生成される硝酸塩の分解は確立されていません。 その為に飼育水は徐々に酸性化し、徐々に有害化してきます。 そのため定期的に水替えする必要がありますが、逆に急激な水質の変化で魚へのストレスやろ過バクテリアが減ることもあります。
水換えは、少量ずつ頻度を多くすることが理想です。 しかし、高頻度では面倒ですから、一般的には３分の１から２分の１くらいの水換えを行うようにして頻度を決めるほうが良いです
熱帯魚の飼育に使用する水は、消毒された水道水を使いたいところですが、水道水には塩素などが含まれいます。 人間にとってほとんど無害でも、魚にとっては毒となります。 水道水を一晩程度汲み置きしておくのが一般的ですが、すぐに使う場合は、カルキ抜きの中和剤を使って無害化する必要があります。
海水魚と淡水魚で好むpHが異なります。 淡水魚は基本的に中性を好みますが、海水魚は塩類(塩化ナトリウムのほか、いわゆる海水の「にがり」である塩化マグネシウムなども含んだ人工海水の元)を添加して、pHを慎重に調整する必要があります。