フィルターは、水槽の水中内のゴミを漉し取ったり、バクテリアの力により魚類の排出する有害物質を硝酸塩などの比較的無害な物質に変化させることができます。
上部フィルター方式は、水槽の上部に設置したろ過装置にポンプでくみ上げた水を通過させ、重力を用いてろ過し、水槽に戻します。 中型の水槽では、最も一般的な方式です。
外部密閉型フィルター方式は、水槽の外部にろ過装置を置きます。 ろ過された水は、ポンプの力で水槽内に戻されます。パワーフィルタとも呼ぶこともあります。
底面フィルター方式は、水槽の底面に敷き詰めた砂利に、エアポンプなどで循環させるものです。 安価で手軽ですが、ろ過力は高いと言われています。 ただし、砂利に溜まるゴミを取り除くことが難しく、掃除が難しいです。
オーバーフロー方式は、水槽を２階建てにし、１階のろ過槽からポンプで強制的に２階へ汲み上げます。 ２階であふれた水は、１階のろ過槽に落ちてくる仕組です。 やや高価で、場所をとるが、ろ過能力は高いです。
外掛け方式は、水槽の布置に取り付けて簡易・小型のオーバーフローを実現するろ過装置です。 安価・手軽であり、小型水槽に良く使われますが、ろ過能力は低いです。
上部底面併用フィルター方式は、上部フィルターと底面フィルターを組み合わせた方式です。 双方の能力を使うこととなり、ろ過能力はとても高いです。 物理ろ過と生物ろ過とを上部と底面のどちらで行うかで２通りの方法があります。 物理濾過を上部で行う方が、手入れの面で楽です。